1. 과세물건의 면세전용
부가가치세과 과세된 재화를 면세사업에 사용되는 경우 환급받은 매입세액을 납부세액으로 납부해야 하는 경우가 생깁니다. 예를 들어 과세사업에 사용하려던 상가의 건물부분에 대해 매입세액 공제를 받고 이를 면세사업에 사용하는 경우 환급받은 매입세액을 세법이 정하는 방법에 따라 계산하여 납부하여야 합니다.

2. 면세사업용 감가상각자산의 과세사업용 전환시 매입세액 공제
이와 반대로 면세사업에 사용하던 감가상각자산을 과세사업용으로 전환하는 경우에는 매입세액불공제분을 세법이 정하는 방법에 따라 계산하여 환급해줍니다. 이때에는 과세사업에 사용하는 날이 속하는 과세기간에 대한 확정신고시 ‘과세사업전환 감가상각신고서’에 의해 사업장 관할 세무서에 신고해야 합니다.

3. 공통매입세액의 납부 환급세액 재계산
사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우 실지귀속을 알 수 없는 감가상각대상자산의 공통매입세액을 세법이 정하는 바에 따라 안분계산하고 이 후 면세공급가액 등의 비율이 증감된 경우에는 부가가치세 납부세액 또는 환급세액을 재계산하므로 유의해야 합니다.