기장대리와 신고대리의 궁극적 차이는 장부가 작성되는냐 그렇지 않으냐의 차이 입니다. 즉 기장대리를 하시는 경우 장부작성에 대한 서비스를 받으시는 것이므로 재무제표와 손익계산서 및 계정별원장이 작성됩니다. 신고대리는 말 그대로 부가가치세나 종합소득세의 신고를 대행하는 업무이므로 장부가 작성되지 않습니다. 따라서 대출등을 받기위해 사업장의 재무제표를 제출하는 것이 원천적으로 불가능합니다.

모든 사업자는 장부작성의 의무가 있습니다. 사업자의 매출액 규모에 따라 세법에서는 간편장부대상자와 복식부기의무자로 구분합니다. 그리고 1년간의 개인이 벌어들인 소득에 대해 원칙적으로 장부에 의해 신고를 해야 합니다. 장부에 의해 소득세 신고를 하는 경우 세무조사가 일정기간 면제될수 있으나(성실신고시에 한합니다.) 무기장시에는 세무조사 대상자로 선정될 수 있습니다.

간편장부대상자가 장부 미작성시 무기장가산세 부과, 장부작성시에는 세액공제
장부에 의해 신고를 하지 않는 경우 법에서 정하는 소규모사업자를 제외하고는 무기장가산세가 부과됩니다.

무기장가산세는 간편장부대상자의 경우 산출세액의 20%가 가산세로 부과됩니다.
간편장부대상자가 복식부기 장부에 의해 종합소득세를 신고하는 경우 산출세액의 20%(1백만원 한도)가 기장세액공제로 감면됩니다.

장부를 작성하지 않는 경우 추계에 의해 종합소득세를 신고해야 하며 이러한 경우 매출액규모가 일정금액 이상이 되면 장부에 의해 종합소득세를 신고하는 경우보다 세액이 증가하게 됩니다.

또한 사업장에 직원을 고용하고 있는 경우 상황이 조금 더 복잡해집니다. 직원에게 임금을 지급하는 경우 간이세액표에 따라 원천징수를 해야하고 지급한 달의 다음달 10일까지 원천징수신고를 해야합니다.

장부미작성시에는 실제 지출한 비용의 상당부분을 필요경비로 인정받지 못함
개인사업자의 경우 부가가치세 신고를 1년에 2번해야하고 종합소득세 신고를 1번 해야 하므로 최소한 세금신고를 3번은 하게 됩니다(면세사업자의 경우 면세사업자현황신고와 종합소득세 신고를 해야함). 직원을 고용하고 있는 경우 원천징수신고를 추가로 해야 합니다.

장부를 작성하는 경우에는 기장세액공제를 적용받을 수 있으나, 장부 미작성시에는 무기장가산세가 부과됩니다.
장부미작성시에는 이자비용이나 보험료, 복리후생비, 접대비, 비품이나 시설장치에 대한 감가상각비를 필요경비로 인정을 받을 수 없으며 추계신고에 의한 일정비율만을 비용으로 인정받습니다.

그리고 사업초기에 사업장에 결손이 발생하는 경우 장부 작성시에는 10년동안 이월하여 소득금액에서 공제를 받아 세금절감효과가 발생하나, 장부미작성시에는 결손금이 발생하더라도 결손금에 대한 공제를 받을 수 가 없습니다.